南平市氣象局是南平氣象部門的領導機構，實行以氣象部門為主與地方政府雙重領導的管理體制。承擔福建省氣象局和南平市人民政府賦予的氣象工作管理職能。
南平市氣象系統分為市、縣二級機構。負責對全市氣象行業(yè)實施規(guī)劃、協調、指導、監(jiān)督，負責對氣象法規(guī)和氣象業(yè)務技術規(guī)范、標準的執(zhí)行情況進行監(jiān)督檢查，統一管理天氣預報警報及其它氣象信息的發(fā)布，參與有關的防災減災決策，管理與指導氣候資源的開發(fā)、利用和保護，組織對當地重點建設工程、重大區(qū)域性經濟開發(fā)項目、城鄉(xiāng)建設規(guī)劃中的氣象條件評價的論證和審查。歸口管理人工影響天氣和社會生產、人民生活中與氣象有關的防雷避雷安全設施的設計、施工和技術檢測，為南平經濟建設和社會發(fā)展提供各種氣象科技服務。
南平市氣象局履行《中華人民共和國氣象法》、《福建省氣象條例》和中央機構編制委員會印發(fā)的《地方國家氣象系統機構改革方案》賦予市級氣象主管機構的各項職責，機構規(guī)格為正處級。
市局由局機關和直屬事業(yè)單位構成，其中局機關內設：辦公室、人事教育科、業(yè)務科技科、政策法規(guī)科。直屬事業(yè)單位共七個，分別為：氣象臺、專業(yè)氣象服務中心、避雷裝置監(jiān)測技術中心、網絡信息與裝備保障中心、建陽辦事處、建陽氣象雷達站、南平市農業(yè)氣象試驗站。轄區(qū)內有建甌市氣象局、延平區(qū)氣象局、武夷山市氣象局、浦城縣氣象局、邵武市氣象局、建陽市氣象局、順昌縣氣象局、松溪縣氣象局、政和縣氣象局、光澤縣氣象局等十個縣級氣象管理機構。
