周寧縣氣候站于1958年8月成立，1960年11月，周寧縣氣候站更名為周寧縣氣候服務站，由縣農業(yè)局管理。1961年1月至12月，由于戰(zhàn)備需要，氣候站搬至縣人委內，進行一般的氣溫、濕度、云狀、云量觀測。1963年1月隸屬省氣象局管理。1966年1月，周寧縣氣候服務站更名為周寧縣氣象服務站。1968年9月改歸周寧縣農業(yè)局管理。1970年10月改由縣人武部管理。1971年3月，周寧縣氣象服務站更名為周寧縣氣象站，改歸縣革委會農業(yè)生產辦公室管理。1980體制改革，實行以氣象部門為主，氣象部門與地方政府雙重領導的管理體制，1988年12月起改稱周寧縣氣象局。
