溫州市氣象局的機構規(guī)格為正處級，其機構設置如下：
（1）內(nèi)設機構
溫州市氣象局內(nèi)設辦公室(政策法規(guī)科、雷電防御管理辦公室)、業(yè)務科技科、人事教育科、計劃財務科（科技服務科）4個職能科（室），機構規(guī)格均為正科級。另設：溫州市氣象行政執(zhí)法支隊與溫州市氣象局財務核算中心，分別掛靠辦公室與計劃財務科。
（2）直屬事業(yè)單位
溫州市氣象局直屬科級事業(yè)單位4個：
溫州市氣象臺(溫州市海洋氣象臺)、溫州市氣象信息中心（溫州市專業(yè)氣象臺）、溫州市氣象網(wǎng)絡中心（浙江農(nóng)網(wǎng)溫州分中心）、溫州市防雷中心。
（3）縣（市）氣象局（站）
溫州市氣象局下設9個縣（市）氣象局（站）：
溫州國家氣象觀測站、溫州氣象雷達站、樂清市氣象局、永嘉縣氣象局、洞頭縣氣象局、瑞安市氣象局、平陽縣氣象局、文成縣氣象局、泰順縣氣象局，其機構規(guī)格均為正科級。
⒉地方氣象機構
經(jīng)地方編委批準成立，由溫州市氣象局及下屬縣（市）氣象局管理的地方機構：
溫州市防雷設施檢測所：由溫州市編制委員會批準的自收自支的事業(yè)單位，人員編制在內(nèi)部調(diào)劑解決,與溫州市防雷中心合署辦公。
文成縣防雷設施檢測所：由文成縣編制委員會批準的自收自支的事業(yè)單位，人員編制在內(nèi)部調(diào)劑解決，隸屬文成縣氣象局管理。
洞頭縣避雷檢測所：由洞頭縣編制委員會批準的自收自支的事業(yè)單位，隸屬洞頭縣氣象局管理。
永嘉縣防雷設施檢測所：由永嘉縣編制委員會批準的自收自支的事業(yè)單位，隸屬永嘉縣氣象局管理。
平陽縣防雷設施檢測所：由平陽縣編制委員會批準的自收自支的事業(yè)單位，隸屬平陽縣氣象局管理。
樂清市防雷設施檢測所：由樂清市編制委員會批準的自收自支的事業(yè)單位，隸屬樂清市氣象局管理。
泰順縣防雷設施檢測所：由泰順縣編制委員會批準的自收自支的事業(yè)單位，隸屬泰順縣氣象局管理。
瑞安市防雷設施檢測所：由瑞安市編制委員會批準的自收自支的事業(yè)單位，人員編制在內(nèi)部調(diào)劑解決，隸屬瑞安市氣象局管理。
